الخلافات الكثيرة على طبيعة المسيح أدت إلى عقد مجمع خلقدونية سنة22/إكتوبر/ 451 ميلادية,وكانت ردة فعل المنظمين لهذا المؤتمر أنه تم بسبب مجمع أفسس سنة 449 للميلاد. تبعته عدة اجتماعات ومؤتمرات بلغ عددها 7 سبعة وانشقت أو خرجت الكنائس الشرقية (القبطية والسريانية والآرامية) عن الكنيستين الرومانية والبيزنطية, مما أدى إلى ازدياد رقعة الخلافات في الشرق وخاصة مصر بوابة العالم العربي إلى أفريقيا.
بعد فتح مصر للمسلمين على يد الأقباط اليعاقبة دعا عمرو بن العاص البطريرك القبطي(بنيامين) الذي كان مختفيا في الصحراء 13 عاما أيام هرقل عظيم الروم, وكان بنيامين من اليعاقبة الذين يؤمنون بأن الطبيعة الإلهية والناسوتية نتجت عنها طبيعة المسيح وهذا هو جوهر إيمان اليعاقبة الأقباط المصريين وهو مخالف لتوصيات مجمع خلقدونية, والمهم أن عمرو بن العاص, قربه منه وأعطاه الأمان له ولجماعته اليعاقبة الذين كانت تطاردهم وتضطهدهم الإمبراطورية الرومانية بسبب الخلاف على طبيعة المسيح كما ذكرنا, لذلك عانى المصريون معاناة جدا جدا من القهر والقتل والنفي والتهجير على يد إخوانهم في الإيمان المسيحي, وحين جاء عمرو بن العاص لم يجد صعوبة بدخول مصر بسبب تواطؤ الشعب المصري مع الغزو العربي ظنا منهم أن هؤلاء العرب سيخلصونهم من الظلم البيزنطي ودفع الضرائب التي كانت تفرضها الحكومة البيزنطية على الشعب المصري القبطي لدرجة أنهم ما كانوا ليسمحوا بدفن الميت إلا بعد أن يدفع أهل الميت ضريبة عليه , انتصر عمرو بن العاص ب3000آلاف جندي مقابل 100 ألف جندي بيزنطي, واسر منهم 3000آلاف وأرسلهم إلى عمر بن الخطاب!!!, وهنا يقع التساؤل كيف انتصر عمرو بن العاص ب3000 آلاف جندي مقابل 100 ألف جندي بيزنطي!!! ولكن حين نعرف الاضطرابات السياسية وظُلم بيزنطة للأقباط اليعاقبة في ذلك الوقت والضرائب الباهظة التي كانت بيزنطة تفرضها حتى على المرور بالطرقات ندرك أن البيزنطيين كانوا يعلموا بأنهم لا يمكن أن يكسبوا المعركة مقابل ثورة شعبية مصرية يقودها اليعاقبة جماعة يعقوب البرادعي(البراذعي) الذي تكونت له جماعات كبيرة في مصر مخالفة لمفهوم الكنيسة البيزنطية واتهامها لها بالهرطقة وتبادل الاتهامات بين هؤلاء بالهرطقة, هؤلاء الجماعات كانوا مضطهدين جدا من بيزنطة وهم من فتح بوابة مصر على مصراعيها للاحتلال
