تقول منظمة هيومن رايتس ووتش إن مجزرة تدمر من تنفيذ فرق عسكرية خاصة بقيادة رفعت الأسد، شقيق الرئيس الراحل، انتقاماً من الإسلاميين, ويقدر عدد القتلى بـ 600 شخص. وقال ميشال سورا، وهو خبير سوري أختطف وقُتل في لبنان سنة 1985، في كتابه “الدولة الهمجية” إن تحليلا أجرته الأجهزة الأمنية كشف أن عدد الضحايا بلغ 1181 ضحية.”, فقد وصلت قوات مسلحة عبر مروحيات إلى مطار المدينة ثم اقتحمت السجن وقتلت السجناء في زنازينهم بالرصاص والقنابل، وقام العناصر لاحقا بدفن الجثث للتخلص من آثار المجزرة, و رغم محاولة السلطات السورية إخفاء المجزرة إلا أن الستار انكشف ” عندما اعتقل جهاز الأمن الأردني مجموعة من العناصر المسلحة في 31 يناير/كانون الثاني 1981 الذين أرسلتهم السلطات السورية لاغتيال رئيس وزراء الأردن الأسبق مضر بدران، وتبين أثناء التحقيق معهم أن عنصرين منهم شاركا فعلاً في مجزرة سجن تدمر، واعترفا بتفاصيل المذبحة، التي تابعها الشعب السوري والعالم عبر التلفزيون الأردني.”, وجاء في الاعترافات أن إشارة البدء أعطيت لعناصر سرايا الدفاع (بقيادة رفعت الأسد، شقيق الرئيس السوري،) “فانطلقت الآلات النارية تصبّ وابل الحمم على المعتقلين العزل الأبرياء، وألقيت عدة قنابل، واستخدمت بعض قاذفات اللهب مع إطلاق النار الكثيف في كل من الباحات الثلاث، على حين تعالت أصوات المعتقلين بهتافات: الله أكبر.”, قام بعض الضباط والعناصر بتقليب جُثث الضحايا، والتأكد من مقتلها أو الإجهاز على من فيه بقية رمق؛ حتى تلطّخت أيديهم وثيابهم وصدورهم بالدماء.. بقي دم الضحايا يغمر أرض السجن؛ وتجمد في كثير من الأماكن من الباحات والمهاجع، فتم تنظيف الساحات، وتم طلاء جدران السجن بسرعة لإخفاء معالم الجريمة, وبعد المجزرة بأيام قليلة، أقر الرئيس السوري الراحل، حافظ الأسد، ما يعرف بـ”القانون 49″ في السابع من تموز/يوليو 1980 الذين يدين أي علاقة بالإخوان المسلمين ويعاقب عليها بالموت، ويحمل القانون مفعولا رجعيا بحيث ينطبق حتى على من اعتقل قبل تاريخ صدوره.