الخلافات الكثيرة على طبيعة المسيح أدت إلى عقد مجمع خلقدونية سنة22/إكتوبر/ 451 ميلادية,وكانت ردة فعل المنظمين لهذا المؤتمر أنه تم بسبب مجمع أفسس سنة 449 للميلاد. تبعته عدة اجتماعات ومؤتمرات بلغ عددها 7 سبعة وانشقت أو خرجت الكنائس الشرقية (القبطية والسريانية والآرامية) عن الكنيستين الرومانية والبيزنطية, مما أدى إلى ازدياد رقعة الخلافات في الشرق وخاصة مصر بوابة العالم العربي إلى أفريقيا.
بعد فتح مصر للمسلمين على يد الأقباط اليعاقبة دعا عمرو بن العاص البطريرك القبطي(بنيامين) الذي كان مختفيا في الصحراء 13 عاما أيام هرقل عظيم الروم, وكان بنيامين من اليعاقبة الذين يؤمنون بأن الطبيعة الإلهية والناسوتية نتجت عنها طبيعة المسيح وهذا هو جوهر إيمان اليعاقبة الأقباط المصريين وهو مخالف لتوصيات مجمع خلقدونية, والمهم أن عمرو بن العاص, قربه منه وأعطاه الأمان له ولجماعته اليعاقبة الذين كانت تطاردهم وتضطهدهم الإمبراطورية الرومانية بسبب الخلاف على طبيعة المسيح كما ذكرنا, لذلك عانى المصريون معاناة جدا جدا من القهر والقتل والنفي والتهجير على يد إخوانهم في الإيمان المسيحي, وحين جاء عمرو بن العاص لم يجد صعوبة بدخول مصر بسبب تواطؤ الشعب المصري مع الغزو العربي ظنا منهم أن هؤلاء العرب سيخلصونهم من الظلم البيزنطي ودفع الضرائب التي كانت تفرضها الحكومة البيزنطية على الشعب المصري القبطي لدرجة أنهم ما كانوا ليسمحوا بدفن الميت إلا بعد أن يدفع أهل الميت ضريبة عليه , انتصر عمرو بن العاص ب3000آلاف جندي مقابل 100 ألف جندي بيزنطي, واسر منهم 3000آلاف وأرسلهم إلى عمر بن الخطاب!!!, وهنا يقع التساؤل كيف انتصر عمرو بن العاص ب3000 آلاف جندي مقابل 100 ألف جندي بيزنطي!!! ولكن حين نعرف الاضطرابات السياسية وظُلم بيزنطة للأقباط اليعاقبة في ذلك الوقت والضرائب الباهظة التي كانت بيزنطة تفرضها حتى على المرور بالطرقات ندرك أن البيزنطيين كانوا يعلموا بأنهم لا يمكن أن يكسبوا المعركة مقابل ثورة شعبية مصرية يقودها اليعاقبة جماعة يعقوب البرادعي(البراذعي) الذي تكونت له جماعات كبيرة في مصر مخالفة لمفهوم الكنيسة البيزنطية واتهامها لها بالهرطقة وتبادل الاتهامات بين هؤلاء بالهرطقة, هؤلاء الجماعات كانوا مضطهدين جدا من بيزنطة وهم من فتح بوابة مصر على مصراعيها للاحتلال
العربي, ولو لم تكن بيزنطة تضطهد الأقباط لبقيت مصر إلى اليوم قبطية مسيحية على مذهب اليعاقبة, كانت تدرك روما وبيزنطة أن جماعة اليعاقبة متواطئة مع المحتل الجديد وستقاتل في صفوف الجيش العربي بقيادة عمرو بن العاص وهذا ما حصل فعلا, لذلك سلموهم مصر وخرجوا منها, بعد أن ضربها عمرو بن العاص بحصاره لمقوقس مصر بداية في الإسكندرية, تخلل ذلك انضمام 3000 مقاتل مصري مع عمرو بن العاص ووصول 12 ألف جندي عرب وغير عرب من المؤمنين بالمذهب اليعقوبي الذي كان منتشرا في ذلك الوقت حول مصر والذين هم بالأصل كانوا يعانون من اضطهاد البيزنطيين لهم عدا ذلك عن الضرائب الباهظة , هؤلاء ساهموا بفتح حصن بابليون,بعد حصار دام نصف عام تقريبا,رفض فيه المصريون أو الأقباط اليعاقبة القتال ضد المسلمين العرب بل على العكس انضموا إلى الجيش العربي الإسلامي.
والمماليك هم أول من استفاد من المثل المصري القائل: الحُكم لمن غلب, هذه العبارة أثرت في الوعي الجماهيري المصري بصورة سلبية وهي التي أدت إلى الترحيب الزائد عن حده لكل محتل أجنبي قوي منذ غزو مصر على يد عمرو بن العاص حتى دخول المماليك إلى مصر بعد ذلك, وهنالك مثل مصري يقول(المركب اللي تودي) وهذا بسبب أن عمرو بن العاص سمح لمن يريد مغادرة مصر أن يحمل معه ما يحمل ما أثاث منزله عبر البحر بالسفن شريطة أن لا يبيع ما لا يريد أن يحمله معه على اعتبار أن ما يتبقى من أثاث ما هو إلا غنيمة للجيش.
